גיבור המשחק Escape the Giant School 3D הפך לפתע קטן מאוד, ומצא את עצמו בבית ספר שהפך לעצום עבורו. ספרים רגילים, עפרונות ומחק הפכו למכשולים בדרכו של הילד והוא רוצה לעזוב במהירות את בית הספר שהפך למסוכן. עזרו לו להתגבר על מכשולים בצורה של כלי כתיבה ענקיים, ספרי לימוד ופריטים אחרים שתלמיד בדרך כלל משתמש בהם. קפוץ מעל מחקים ועפרונות, מעל ספרים ושולחנות, מגיעים לקו הסיום כדי לעבור למיקום חדש ב-Escape the Giant School 3D.
