המשחק Alien Quarantine מתרחש בשטחה של מעבדה סודית בה מתבצעים ניסויים ביצורים חייזרים שנלכדו. אחד החייזרים הצליח להשתחרר, הוא שיחרר את האחרים והחל כאוס אמיתי במעבדה. גיבור המשחק Alien Quarantine נשלח לסיור, אך מתמודד עם אויב מסוכן. הוא צריך לשחזר את מערכת האבטחה כדי למנוע ממפלצות לפרוץ למגזרים אחרים. כדי לעשות זאת, אתה צריך להפעיל כמה מכשירים, לזוז ולירות, להתחמק מהתקפות חייזרים.
